國家生技研究園區聯合會為負責整合園區內整體性、公共空間及公共事務管理與各進駐單位間行政協調，下設國家生技研究園區營運中心。

本中心位於園區A棟4樓行政辦公室，依國家生技研究園區營運中心設置要點，置執行長一人，由聯合會核派適當人選擔任，另設副執行長襄助執行長處理園區事務，並依視業務需求置行政人員辦理園區內包括議事、資訊、總務、主計、人事、公共事務、環境保育、國際合作及成果推廣等相關行政業務。

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