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    園區核心設施
    NBRP Core Facilities

園區核心設施 - 生醫轉譯研發團隊的後盾 園區核心設施 網頁更新中,服務即將開放申請

本核心設施是全國唯一的標靶式操控基因表達核心設施,我們建置了全基因方位的人類/小鼠RNAi試劑資源庫、miRNA試劑資源庫、以及CRISPR/Cas試劑資源庫(詳見附件一),並具備專業的核心技術與豐富的服務經驗,可以協助國內生醫產業界研發人員進行RNAi藥物開發、CART免疫細胞建立、CRISPR/Cas技術的產業應用、以及全基因方位遺傳篩選服務。

下表為目前科技部核定之核心服務項目及其內容說明( 服務清單)
核心首頁

代號*

服務項目/內容

用途/應用說明

C6-1

shRNA 質體細菌株分讓

shRNA 質體細菌株分讓

RNA干擾

運費 (可運送1~6盤的96孔盤,含盒子和乾冰)

菌株/質體運送

運費 (可運送7~12盤的96孔盤,含盒子和乾冰)

C6-2

盤式VSV-G pseudotyped lentivirus (90株病毒/96-well plate) (可單盤零售)

RNA干擾

C6-3

混合型 VSV-G pseudotyped lentivirus (1ml/900種病毒) (可單管零售)

RNA干擾

C6-4

單株 VSV-G pseudotyped lentivirus

RNA干擾與基因調控

C6-5

HT&HCS 影像擷取與資料分析

篩選分析平台

C6-6

Packaging plasmids

慢病毒包裹質體

C6-7

shRNA cloning lentivector

建立篩選平台用

C6-8

cDNA expression lentivector

基因表現質體

C6-9

客製化

VSV-G pseudotyped lentivirus

1ml病毒液

客製化製備RNAiCRISPR/Cas試劑

2ml病毒液

5ml病毒液

Customized arrayed virus 320 ul/clone

Customized arrayed virus 640 ul/clone

5mL Lentivirus concentration(病毒濃縮)

10mL Lentivirus concentration (病毒濃縮)

C6-10

Genome-wide pooled lentivirus

82K human pooled lentivirus

全基因組RNAi干擾試劑

100K mouse pooled shRNA lentiviruses

110K Human pooled shRNA lentiviruses (TRC1&2; 11sub-pools; 10k shRNAs/pool/vial)

C6-11

全自動液體分注操作工作平台使用費

BECKMAN COULTER Biomek® NXP Laboratory Automation Workstation使用費

開放給使用者用於large-scale篩選用

BECKMAN COULTER Biomek® FXP Laboratory Automation Workstation使用費

Tecan Evo® quantitation and Normalization plateform使用費

使用耗材點數

C6-12

常規RNAi篩選服務

RNAi篩選用

C6-13

shRNA細菌株到病毒製備全套服務

RNAi篩選用

C6-14

miRNA sponges客製化服務

miRNA 調控基因表現

C6-15

sgRNA客製化服務

CRISPR客製化服務-sgRNA製備

C6-16

質體構築服務

協助使用者構築質體

C6-17

Host Cell Characterization

CRISPR客製化服務-細胞株鑑定

C6-18

Single Cell Generation

CRISPR客製化服務-基因編輯細胞

C6-19

Single Cell Clones Genotyping

CRISPR客製化服務-基因型鑑定

C6-20

其他客製化服務

非常規之客製化服務(臨時委託案)

RNAi

現今RNAi技術已經逐漸由基礎研究走向醫學應用,本核心設施也將與時俱進,將核心RNAi技術與資源進行適當的調整,以協助國內生醫產業界進行RNAi藥物的開發工作。成功開發一個RNAi藥物最重要的工作重點,在於如何找到一個高效能且低脫靶率的RNAi序列,以及如何專一性地將RNAi藥物遞送到病灶細胞之中。我們的執行方法說明如下:

RNAi藥物開發-RNAi序列的選殖 RNAi藥物開發-客製化RNAi序列 RNAi藥物開發-RNAi效能鑑定 RNAi藥物開發-建立RNAi遞送系統

CAR-T

CAR-T細胞療法包含了許多環節,包括T細胞分離、CAR基因編輯、CAR-T細胞擴增、CAR-T細胞回輸、以及術後監控。每家公司的CAR-T技術核心都在CAR基因編輯的部分互有優劣,而本核心設施可以協助國內生醫產業在CAR基因編輯此一技術核心上的取得利基。本核心設施擅長於偽慢病毒的構築與生產,設有專人協助CAR表現質體的構築,藉由偽慢病毒載體上的客製化,我們可以優化CAR基因表現情形、提高產製偽慢病毒的效價、以及增強CAR-T細胞的活性或予以功能加值。執行方法說明如下:

CAR-T開發工作-CAR表現載體構築 CAR-T開發工作-大規模偽慢病毒生產 CAR-T開發工作-CAR-T細胞建立 CAR-T開發工作-CAR-T細胞功能加值

 

名稱: CAR-T開發工作-CAR-T細胞功能加值

服務代號: 108-8 

用途: CAR-T功能加值

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

過去的研究發現,剔除T細胞上的免疫檢查哨PD-1蛋白,可以阻斷癌細胞反制T細胞活化的能力,大幅增加T細胞毒殺癌細胞的能力。最近的一篇報導亦指出,剔除CAR-T細胞中TET2基因,可以增加CAR-T細胞增殖的能力,讓CAR-T細胞可以長期穩定存活,在癌症病人體中持續殺癌細胞。本核心設施所構築的CAR表現偽慢病毒載體,可以同時攜帶可抑制PD-1或是TET2基因的RNAi或CRISPR/Cas,藉此增強CAR-T細胞毒殺癌細胞的活性以及CAR-T細胞增殖的能力。結合RNAi或CRISPR/Cas基因調控的CAR表現偽慢病毒載體,可以讓CAR-T細胞的功能升級,增加產業界研發CAR-T細胞的國際競爭力。

 

基因遺傳篩選

本核心設施可以協助國內生醫產業界全基因方位遺傳篩選,或是提供不同基因功能分類的功能型盤式快篩平台,這是其他國內外生技廠商或研發單位,皆無法提供服務平台。我們已經建立根據不同技術平台的特性建立了相關篩選範例,為將來進駐南港國家生技園區提供具體的產學合作開發模式,我們所提供的技術平台可以協助國內生醫產業界進行新藥開發工作。具體執行方法包括:

基因遺傳篩選-報導細胞株之建立

 

名稱: 基因遺傳篩選-報導細胞株之建立

服務代號: 108-9 

用途: 報導細胞株之建立

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施可以根據國內生醫產業界使用者的超高速篩選實驗需求,考量RNAi或CRISPR/Cas遺傳篩選不同的實驗設計,以及全基因方位混合型或是功能型盤式遺傳篩選的型式,我們可以建立專屬的客製化基因篩選細胞模型,並協助使用者規畫適當的遺傳篩選流程。協助利用小規模篩選實驗驗證此細胞模型使用於全基因方位混合型或是功能型盤式遺傳篩選的可行性。

 

基因遺傳篩選-製備篩選用試劑庫

 

名稱: 基因遺傳篩選-製備篩選用試劑庫

服務代號: 108-10 

用途: 製備篩選用試劑庫

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施已經建立了96或384微孔盤基因操控作業與分析平台。根據不同超高速篩選規格,我們可以重新編寫作業程式,調整細胞數以及偽慢病毒的使用量以配合實驗操作需求;結合核心建置的全基因方位RNAi或CRISPR/Cas試劑資源庫,並使用配置機器手臂的二維條碼DNA管理系統管理,我們可以將使用者需要的試劑資源迅速挑選出來,製備成客製化盤式偽慢病毒資源試劑庫,供全基因盤式RNAi或CRISPR/Cas超高速篩選使用。我們利用冷光報導系統與功能型偽慢病毒資源試劑庫作為範例,建立了超高速篩選的標準化作業流程,藉由此一標準化作業流程的建立,可以因應產業界進行大規模的客製化盤式RNAi或CRISPR/Cas篩選服務的需求。

 

基因遺傳篩選-小規模功能性快速篩選

 

名稱: 基因遺傳篩選-小規模功能性快速篩選

服務代號: 108-11 

用途: 小規模快速篩選

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施建立了功能型盤式CRISPR/Cas試劑資源,此試劑資源為國內首例自製研發的功能型盤式試劑資源庫,可以標靶細胞表面蛋白以及醣基轉移酶,快速鑑定細胞表面生物分子所扮演的生物功能。此試劑資源為目前全世界唯一以醣基轉移酶作為目標基因的功能型盤式CRISPR/Cas試劑資源庫。此外,我們也購入了八套功能型盤式CRISPR/Cas試劑資源(可標靶細胞激酶相關、磷酸酶相關、癌症疾病相關、細胞膜運輸相關、細胞核激素接受體、離子通道相關、表觀遺傳相關、藥物運輸蛋白相關基因)。我們利用免疫毒素(Immunotoxin)完成了小規模概念驗證(Proof of Concept)實驗,研究顯示此試劑資源可以快速鑑定出正確的目標基因。藉由此功能型盤式CRISPR/Cas篩選範例的建立,我們可以支援超高速藥物篩選平台/噬菌體表達抗體篩選平台,針對未知基因標的之小分子藥物或是抗體藥物,快速篩選出該藥物的目標基因。

 

基因遺傳篩選-全基因方位篩選

 

名稱: 基因遺傳篩選-全基因方位篩選

服務代號: 108-12 

用途: 全基因方位篩選

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施已經利用A型流感病毒作為模型,建立了全基因方位RNAi遺傳篩選的標準化流程。為了建立全基因方位CRISPR/Cas遺傳篩選標準作業流程,本核心設施利用免疫毒素(Immunotoxin)作為範例,以全基因方位CRISPR/Cas遺傳篩選技術快速鑑定出綠膿桿菌毒素的致病機轉。這些實務經驗有助於我們協助國內生醫產業,使用全基因混合型RNAi或CRISPR/Cas試劑資源庫,進行全基因方位RNAi或CRISPR/Cas遺傳篩選實驗。全基因方位遺傳篩選技術可以用來鑑定藥物的作用機轉、抗藥性基因、抗病毒或抗癌等基因標的,協助國內生醫產業進行新藥開發工作。

 

CRISPR

CRISPR/Cas基因編輯技術是目前最具前瞻性的生醫技術。除了傳統的CRISPR/Cas9系統,目前本核心設施已經引進了其他CRISPR相關試劑資源,其中包括了: CRISPRi、CRISPRa、eSpCas9(1.1)、Cas9HF1、SaCas9、AsCpf1、LbCpf1、Cas13a、BE4-Gam、ABE series and xCas9 series。這些新興CRISPR試劑資源分別已經在偽慢病毒載體或腺相關病毒載體中構築完成。上述新興CRISPR相關試劑資源可以在哺乳動物細胞中進行基因編輯,具有不同的基因編輯專一性、脫靶率、可辨識不同PAM序列、以及基因編輯特性。這些CRISPR/Cas相關核心技術的開發,有助於使用者精準調控基因表現或修復致病基因SNP位點,加速將CRISPR/Cas相關技術推向臨床應用(基因治療)的進程。

本核心設施已經建立了基因剔除(Gene Knockout)服務的標準化流程,並開始為國內學、研、醫、產界提供建立客製化基因剔除動物細胞株的服務,其服務內容包含了CRISPR載體設計、sgRNA的設計挑選、sgRNA表現質體的構築、sgRNA效能測試、以及基因剔除細胞株的建立與選殖。未來若核心人力調配許可,將逐步開放建立基因剔入/基因校正細胞株的服務。此一客製化服務除了可以幫助學研界進行基因相關基礎研究,也可以協助醫學中心進行基因治療的臨床研究,或是幫助國內生醫產業界建立高效能的商用細胞株(例如:FUT8基因剔除的抗體生產細胞株)。詳細服務內容如下

sgRNA客製化服務(CRISPR客製化服務-sgRNA備製) 細胞特性確認(CRISPR客製化服務-細胞株鑑定) 細胞株篩選(CRISPR客製化服務-基因編輯細胞) 基因型鑑定(CRISPR客製化服務-基因型鑑定)

其他客製化服務

服務代號: C6-20

用途: 非常規之客製化服務

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

為因應使用者臨時委託的客製化服務項 目,例如:96 孔盤式 DNA 質體製備、大量 DNA 質體製備、大量 cDNA 表 現質體構築…等非核心常規提供的客製化服務項目。評估當時核心人力情 形是否接受委託,並計算其成本支出決定服務申請單位數量,收費金額待使用者同意之後, 始提供該客製化服務。服務完成後,核心會補送該次委託案之成本分析內 容至科技部備查。

高通量細胞影像自動擷取分析處理系統

Thermo Fisher Cellomics ArrayScanR VTI HCS Reader是一套自動螢光影像擷取分析系統,可搭配不同螢光染料進行個別細胞之多重影像分析,搭配自動送盤機器手臂,適用於高通量、高內涵篩選實驗(High Throughput Screening, HTS、High content screening, HCS),例如RNAi genetic screening;此儀器亦可用於一般少量螢光影像分析實驗,以節省人力及避免人為偏見造成影像分析結果偏差。此外,本核心新添購一雲端系統(Columbus),方便使用者可在有網路連線的地方分析下載實驗結果。

此儀器配有的分析軟體(Bioapplications)可自動劃分細胞不同部位(細胞核、細胞質、細胞膜),並計算各個部位的螢光表現量。而除了計算全部的螢光表現之外也可特別計算點狀(spot)螢光,因此可分析細胞內點狀物質,像是internalized receptors, multi-protein complex, lipid globules, specialized endosomes, other organelles and cellular fragments等;此外,針對特定實驗也有設計個別的分析軟體,例如G protein-coupled receptors(GPCR), Cell Motility, Cell Spreading, Cytotoxicity, Cell cycle, Colony formation, Micronucleus assay, Cytoskeletal rearrangement, Myotube formation, Neurite Outgrowth, Angiogenic Tube formation等,不需花時間設定複雜的演算法即可做影像分析。

凡螢光特性類似於以下的螢光物質(fluorophores)皆適用於本儀器: Hoechst33342, FITC, TRITC, Texas Red, and Cy5。如需更進一步了解,請聯絡核心:
電話02-27898763 ext 11許小姐,或ext 15鍾小姐(留言);
服務信箱:RNAiCore@imb.sinica.edu.tw

全自動液體分注操作工作平台可以有效率的進行耗時長、重複性高的 liquid handling 工作,包含 pipetting, dilution, dispensing 及 integration 等,不僅可以節 省時間和精力,儀器的高精準度更可減少人為操作的誤差。

全自動液體分注操作工作平台

C6-11-1 BECKMAN COULTER Biomek® NXP Laboratory Automation Workstation 配 有一機械手臂可抓取實驗器皿和進行樣品添加動作(適用於 96-或 384-well plate),桌面最多有 15 個位置可擺放實驗器皿(tip box, plate or reservoir)。此項目 係針對欲在 96-well 或 384-well plate 上進行液體置換(liquid handling)的實驗,例 如免疫染色。本系統不在無菌操作台內,欲進行無菌操作實驗,請使用 Biomek® FXP 系統。

 

BECKMAN COULTER Biomek C6-11-2 BECKMAN COULTER Biomek® FXP Laboratory Automation Workstation 配有 兩個機械手臂可同時抓取實驗器皿和進行樣品添加動作(適用於 96-或 384-well plate),桌面最多有 20 個位置可擺放實驗器皿(tip box, plate or reservoir),以及一 個 Stacker Carousel 可提供額外空間放置實驗器皿。本系統位於 P2 細胞培養室的 無菌操作台內。此項目係針對欲在 96-well 或 384-well plate 上進行 buffer 或 medium 等液體置換(liquid handling)的無菌操作實驗,例如病毒感染實驗。
C6-11-3 Tecan Evo

C6-11-3 Tecan Evo® Quantitation and Normalization plateform 配有一分離式 8 爪 液體處理手臂 LiHa (Liquid Handling Arm),可依照電腦設定在 96-well plate 或 384-well plate 上做不同位置、不同體積的液體分注操作。

 

此次活動已落幕。以下為此次活動的 powerpoint 檔案 PDF C6(RNAi) Core Workshop

Production & Transduction of VSV-G-pseudotyped lentivirus 相關問題
技術諮詢:許真妮 小姐,電話:02-27899724 轉分機 11

shRNA 細菌處理和 plasmid DNA 萃取相關問題
技術諮詢:楊曉婷 小姐,電話:02-27899724 轉分機 13

Cellomics ArrayScan HCS Reader 相關問題
技術諮詢:許真妮 小姐,電話:02-27899724 轉分機 11

RNAi Screen 相關問題
技術諮詢:程靜暐 小姐,

DNA Cloning 相關問題
技術諮詢:黃士齊 先生,電話:02-27899724 轉分機 16

訂單諮詢及申請 RNAi 試劑相關問題
相關諮詢:鍾穎麗 小姐,電話:02-27899724 轉分機 15

網頁和資料庫相關問題
相關諮詢:邱文吉、洪志勳 先生,電話:02-27899724 轉分機 10

核心負責人:周祐吉 博士
中央研究院基因體研究中心四樓 RNAi Core Lab.
核心電話:02-27899724 (分機 15) 鍾穎麗 小姐
核心傳真:02-27885420
服務信箱:RNAiCore@gate.sinica.edu.tw (請注意大小寫需相符)
核心地址:台北市南港區115研究院路二段128號