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  • project1

    園區核心設施

    NBRP Core Facilities

園區核心設施 - 生醫轉譯研發團隊的後盾 園區核心設施,已開放對外服務,歡迎產學研單位申請使用

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數位化組織病理分析平台

介紹:

 數位化組織病理分析平台為協助各項研究與技轉開發,提供全套式儀器和技術支援,包括:自動化組織處理、組織包埋、組織切片、全自動染色、全自動封片、全自動

玻片掃描以及類流式染色分析。其中自動化組織處理機和全自動染色機以及封片機可以簡化繁複的操作步驟,並且一次進行大量檢體的處理、染色與封片,讓使用者可以一次性進行病理相關實驗與影像分析,快速取得實驗數據。

 

近年病理學逐漸步入數位化時代,此對未來的醫療診斷將產生巨大的影響,至今組織染色切片的辨識需藉由病理學專家,但往往是屬於主觀判斷,並沒有量化的答案,因而造成判定無法標準化。而本核心設施的數位化病理影像掃描與分析報告服務,可將切片的病理資訊轉換成像素,透過像素點呈現切片的所有病理生理現象,將個人主觀意識降到最低,提供最客觀的數據,解決組織切片分析不易的瓶頸,數位化系統還可以幫助儲存文件並提供檢索功能,為以後快速找資料提供極大的便利。

 

國家生技園區生醫轉譯核心共儀設施內設置有1台自動化組織處理機 (Sakura Histo-Tek® VP1™)1台石蠟組織包埋機 (Sakura Tissue-Tek® TEC™5)2台石蠟組織切片機(Sakura Histo-Tek® SRM™Ⅱ)1台組織切片掃描及病理分析系統 (TissueGnostics TissueFAXS SL Confocal High Content Tissue Cytometer)、1台全自動多元式可客製化免疫染色及原位雜交系統 (Roche Ventana BenchMark ULTRA) 以及1台高變焦立體顯微鏡(Zeiss Stemi 508 trino);另外亦有乾式生化儀 (FUJIFILM NX500i)。相關配備:高效能排煙櫃、淨氣型通風櫃以及1台離線主機分析系統與影像分析專用之軟體 (TissueGnostics高通量全景組織細胞脈絡影像分析軟體、全景組織3D影像重建整合軟體)

服務項目:

  1. 委託專案服務
  2. 專人操作服務
  3. 儀器自行操作
  4. 諮詢與教育訓練服務

開放時間: 

週一至週五 09:00~17:00

組織切片掃描及病理分析系統

  • 型號: TissueGnostics TissueFAXS SL -Confocal High Content Tissue Cytometer
  • 儀器特點: TissueGnostics類流式定量組織細胞儀,可針對免疫化學染色或螢光染色影像中進行個別細胞拆解和定量,並採用與流式分析完全相同的資料格式直接進行圈選並界定四象限,清楚呈現陰性和陽性細胞所佔的比例,更可在數據和影像之間雙向追蹤,得知特定細胞群的形態和所在位置,最終可將所有數據輸出,匯入Excel或其他軟體進行統計分析。此外,配置高通量自動上片掃描系統,可一次放入120片進行自動上片掃描。
  • 儀器設備:
  1. 高精度掃描式高解析全自動掃描儀主機
  2. 高通量全景組織細胞脈絡影像拍攝軟體
  3. 在線資料收集處理系統
  • 高階全電動顯微鏡-4顯微鏡頭:
    • EC Plan-Neofluar 2.5x/0.085 WD=8.8 M27
    • Plan-Apochromat 10x/0.45 M27
    • EC Plan-Neofluar 20x/0,5 M27
    • Plan-Apochromat 63x/1.40 Oil M27
  • 高階全電動顯微鏡-4螢光通道:
    • DAPI/HOECHST
    • Cy2/Alexa488/FITC/GFP
    • Cy3/PE/Alexa594/Rhodamine/Texas Red
    • Cy5/APC/Alexa647 (可支援Cy7的瑩光,但不可同時使用Cy5)
  • 共軛焦呈像掃描器
    • NipkovDsik共軛焦掃描盤模組,搭配70μ針孔掃描盤
    • 5螢光通道: DAPI、Cy2、Cy3、Cy5、Cy7
    • 配置固態High Power LED白光光源、固態LED螢光光源(7套螢光輸出: 395nm Violet、440nm Blue、440nm Cyan、510nm Teal、550nm Green、575nm Yellow、640nm Red)
  • 使用說明:
    • 組織切片掃描與影像軟體分析僅開放專人操作或專案服務。
    • 拍攝軟體具備整合式3D共軛焦掃描控制模組、景深延伸功能,可自由設定Z軸間距以及連續影像範圍。
    • 連續景深堆疊演算法,降低穿透光及螢光背景干擾,提供較厚樣本清晰影像。
    • 支援IHC樣本多光譜拍攝功能,擷取全波長彩色影像。
    • 具備高解析視野拼接演算法,提供單像素水準無縫拼接虛擬數位切片,以及全景影像大圖輸出功能等。
  • 儀器放置位置:國家生技研究園區 A棟 5樓 A502c
  • 儀器照片:

 

專案經理: 黃建彰 博士  |  cchuang0418@gate.sinica.edu.tw

辦公室: 國家生技研究園區A棟 A441  |  02-7750-5554

自動化組織處理脫水機

  • 型號: Sakura Histo-Tek® VP1™
  • 儀器描述 

            Histo-Tek® VP1TM組織處理機是在一個脫水缸中自動執行一系列組織處理步驟,其中包括   

                      固定、脫水、脫脂與石蠟浸潤,完成病理檢體處理後,即可用於組織學研究與試驗。

  • 主要特點

            > 觸控式彩色螢幕:觸控式操作,可選擇與監控步驟流程。

            > 高容量:最高量可達300個包埋盒。

   > 溶液槽數量多:10個藥液槽、4個石蠟槽和2個清洗槽。

   > 提高石蠟浸潤效果:具有多達14個步驟可提升石蠟浸潤的效果,可處理不同大小的組織檢體。

   > 檢體處理安全性高:檢體處理過程皆在密閉式的脫水缸中。

   > 工作流程效率高:將包埋盒放入鐵架盒內,讓機器方便識別、處理,並讓使用者方便轉移至包埋機進行包埋。

   > 環境安全性高:封閉性空間和活性炭過濾器可保護使用者免於有毒氣體的危害。

  • 使用說明

            > 石蠟、甲苯和酒精由共儀提供。

  • 預約注意說明

            > 處理機預設的脫水工作時程為13小時(含清洗管路1小時),使用者在預約使用時段時,請預約晚上20:30~隔日9:30時段(並於預約當日下午16:30~17:00 將檢體拿至A522室的處理機擺放完成)並於隔日上午9:30 取走已脫水完成之檢體,進行包埋。

  • 放置地點

           國家生技研究園區A棟5樓A522室

  • 儀器照片

                 

石蠟組織切片機

  • 型號: Sakura Histo-Tek® SRM™ Ⅱ
  • 儀器描述

            Histo-Tek® SRMTMⅡ是一台半自動旋轉式切片機,可電動調控樣品夾步進和回縮,優點在於精確切片和操作簡易。

  • 主要特點

                      > 切片厚度範圍:0-600 μm

               →   0-2 µm (0.5 µm增加)

              →   2-10 µm (1 µm增加)

              →   10-20 µm (2 µm增加)

              →   20-100 µm (5 µm增加)

              →   100-600 µm (50 µm增加)

                      > 修片厚度範圍:0-600 μm

                      > 樣本前後移動距離:28 mm

                      > 樣本垂直移動距離:70 mm

                      > 樣本最大體積:50×30×40 mm (xx)

                      > 刀架基座移动距離:50 mm

                      > 樣本回縮範圍:5‐100 μm (5 μm增加)

                      > 樣本固定角度:± 8°

                      > 電動移動速度:慢速300 μm/s、快速900 μm/s

  • 使用說明

                       > 使用者需自行準備切片刀。

                      > 共儀提供組織飄浮水槽(AMOS AWB210)和玻片烘乾器(AMOS ASD220)

  • 放置地點

                                      > 國家生技研究園區A5A522

  • 儀器照片

 

石蠟組織包埋機

  • 型號:Sakura Tissue-Tek® TEC™ 5
  • 儀器描述

          > Tissue-Tek® TECTM 5具有包埋系統及冷卻系統,由單一微電腦主控面板操作共通連結,用於進行組織的石蠟包埋。

  • 主要特點

            控制面板:兩行式LCD螢幕顯示面板,可調控溫度、開/關機時間等功能

            > 石蠟熔蠟槽:容量為4公升且底部有濾網,可濾出碎片

            > 預熱槽:溫度範圍50~75℃,以1℃為單位調整

            > 加熱盤:每一側可容納10個包埋盒;溫度範圍50~75℃,以1℃為單位調整

            > 電冷式包埋冰盤:符合所有基本模式的大小

            > 石蠟分注器:可調整流量大小,且可使用腳踏板控制

            > 冷卻盤:可置放60個包埋盒;溫度範圍-10~0℃,以1℃為單位調整

  • 使用說明

​​​​​​​           石蠟由共儀提供。

  • 放置地點

            > 國家生技研究園區A棟5樓A522室

  • 儀器照片:

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全自動免疫組織化學染色暨原位雜交染色儀

  • 型號: Roche Ventana BenchMark ULTRA
  • 儀器描述

             > Ventana BenchMark ULTRA提供多種功能用於進行組織病理的診斷,其中最引人注目的是具有獨立的滑梯抽屜,可支持單件工作流程。共有30個獨立的滑梯抽屜讓使用者可以連續性                  進行染色實驗,且全程皆為自動化染色,亦可獨立手動加入抗體至玻片上,以達高通量、高效率的流程。

  • 主要特點

             > 全自動:烤片、去除石蠟、細胞調理與染色,其中包括IHC、ISH、SISH、免疫螢光、多參數IHC染色(雙重、三重)、複染、抗體滴定(titration)

             > 玻片滑動位置:1-30個滑塊,每個位置具有獨立的處理/功能和溫度控制

             > 試劑轉盤:可容納35個試劑

             > 安全性高:大型半圓形透明罩蓋住試劑轉盤,當染色機運行時,為了保護玻片、操作員和設備,蓋子會自動鎖定且降低接觸病理組織片的次數

            > 玻片適用大小:25 x 75 mm, 1 x 3 in or 26 x 76 mm 帶正電玻片

           > 高通量:8小時內處理90個組織染色片

  • 使用說明

            > 耗材試劑請自備。

            > 請使用親水性玻片。

  • 放置地點

             > 國家生技研究園區A棟5樓A522室

  • 儀器照片:

           

 

組織影像分析軟體系統(TissueGnostics)

  • 軟體系統:
  1. 離線主機分析系統
  2. 高通量全景組織細胞脈絡影像分析軟體(StrataQuest Analysis Software)
  3. 全景組織3D影像重建整合軟體(Voloom 3D Reconstruction software)
  • 軟體功能介紹:
    • 具備多層次分析演算法,包括了病理應用演算法,如:Ki67/NeuHer2 和FISH分析模組;研究應用演算法,如:淋巴球浸潤腫瘤分析及什利曼原蟲病分析。
    • 具備細胞自動辨識,也可分析核內及質內顆粒特徵,如FISH或CISH分系,搭配流式細胞儀的分析統計方式,呈現“Dots per cell”(Dot Plot)和單參數 (Histogram Plot)。
    • 具備雙向聯動圈選功能,可從分析的點(Dots per cell)追朔到影像上的細胞位置,反之,也可從影像上的細胞位置追朔到分析的點(Dots per cell)。
    • 可建立各種形式 Regions of Interest (ROI)限制特定分析區域,也可剔除區域,增加分析區域篩選條件。
    • 具備全自動光譜拆分演算法,單鍵完成分色抽離,適用各種免疫組織複染樣本。
    • 連續組織切片數位圖像同步功能,提供連續切片對位比較及統計。
    • 自動化3D影像重建,可進行大範圍掃描影像或是可導入倂校準連續切片(不限片數)掃描影像序列之立體建構。
    • 支援多種數位切片檔案格式,如:3DHISTECH、Aperio、Hamamatsu、Leica、Zeiss等。
    • 分析報告書可匯出格式眾多,如: Excel、ASCII、PDF、List mode data;影像輸出格式,如:JPEG、TIF等。
  • 使用說明:

影像分析軟體-StrataQuest Analysis Software可支援各式影像分析,使用者如需進行離線分析,詳情請洽管理員。

 

乾式生化分析儀

  • 型號: FUJIFILM DRI-CHEM NX500i
  • 儀器描述

           > DRI-CHEM NX500i是一台可以執行多種臨床生化檢驗試驗的乾式化學分析儀。其採用刷卡校正,免去試劑及校正液的費用,且為全自動機械手臂,會自動進試片、加注檢體、                          推卸紙片,操作簡易且分析快速。

  • 主要特點

            > 檢測項目:28種比色分析試驗、3種電解質分析試驗 (如下圖)

                                     

                                 

            > 高通量技術:比色分析試驗120 test/hour、結合分析試驗128 test/hour

            > 分析樣本數:1個/次

            > 分析試片數:12個比色分析試片和1個電解質分析試片

            > 分析所需時間:比色分析試驗2~6 min/test、電解質分析試驗1~3 min/test

            > 樣品種類:全血(帶血漿過濾器)、血漿、血清

            > 樣品體積:比色分析試驗10 μL /test、電解質分析試驗50 μL/3 tests (NA, K, Cl)/test、CRP 5 μL/test

            > 數據輸出:熱感式印表機

 

  • 使用說明

           > 使用者需自行購買相關試片。

 

  • 放置地點

             > 國家生技研究園區A棟5樓A522室

  • 儀器照片:

           

管理人員: 陳慧珈 技術專員 |  chiachc@gate.sinica.edu.tw

辦公室: 國家生技研究園區A棟 A441  |  02-7750-5554