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  • project1

    園區核心設施

    NBRP Core Facilities

園區核心設施 - 生醫轉譯研發團隊的後盾 園區核心設施,已開放對外服務,歡迎產學研單位申請使用

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數位化組織病理分析平台

介紹:

免疫組織化學染色(Immunohistochemistry,IHC)和原位雜交染色(in situ hybridization,ISH)的優點在於專一性、高靈敏度以及快速簡便,因此已被普遍應用在臨床疾病診斷和基礎醫學研究。其基本實驗流程:檢體收集→ 組織包埋→ 組織石蠟切片→ 免疫化學、螢光、原位雜交染色→ 分析結果。

數位化組織病理分析平台為協助各項研究與技轉開發,提供全套式的儀器及技術支援,包括:自動化組織處理、組織包埋、組織切片、全自動染色機以及類流式染色分析與資料圖庫建檔,可高通量運行,多達120片的自動染色以及自動掃描組織染色呈現類流式細胞儀分析結果。

病理數位化將對未來醫療診斷的影響巨大,長久以來,組織切片的辨識需要病理學專家來分析,但往往是主觀判斷,而沒有量化的答案,因此,造成判定無法標準化。本核心設施的數位化病理影像掃描與分析報告服務,可將切片的病理資訊轉換成像素,透過像素點呈現切片的所有病理生理現象,除了可屏除個人主關的因素,更加客觀地討論數據,解決組織切片分析不易的瓶頸,數位化系統還可以幫助儲存文件並提供檢索功能,為以後快速找資料提供極大的便利。

除此之外,此平台之影像分析軟體系統(TissueGnostics)其功能相當強大,可支援各式檔案影像分析,如: 3D Histech (.mrxs)、Hamamatsu (.ndpi)、Zeiss Axio Scan (.czi)、Yokogawa CQ1 Confocal scanner、Aperio scanners (.svs)、Leica (.scn)、Keyence、Perkin Elmer (.qptiff)、Images (.jpeg, .tif, .bmp, .png)等。因此,可作為獨立軟體分析提供服務,使用者可攜上述之影像檔案進行離線分析。

國家生技園區生醫轉譯核心共儀設施內設置有1台自動化組織處理機(Sakura Histo-Tek® VP1™)、1台石蠟組織包埋機(Sakura Tissue-Tek® TEC™ 5)、2台石蠟組織切片機(Sakura Histo-Tek® SRM™ Ⅱ)、1台組織切片掃描及病理分析系統(TissueGnostics TissueFAXS SL Confocal High Content Tissue Cytometer)、1台全自動多元式可客製化免疫染色及原位雜交系統(Roche Ventana BenchMark ULTRA)以及1台高變焦立體顯微鏡(Zeiss Stemi 508 trino)。相關配備: 高效能排煙櫃、淨氣型通風櫃以及1台離線主機分析系統與影像分析專用之軟體(TissueGnostics高通量全景組織細胞脈絡影像分析軟體、全景組織3D影像重建整合軟體)。

服務項目:

  1. 委託專案服務
  2. 專人操作服務
  3. 儀器自行操作
  4. 諮詢與教育訓練服務

開放時間: 

週一至週五 09:00~17:00

儀器預約日曆 

組織切片掃描及病理分析系統

  • 型號: TissueGnostics TissueFAXS SL Confocal High Content Tissue Cytometer
  • 儀器特點: TissueGnostics類流式定量組織細胞儀,可針對免疫化學染色或螢光染色影像中進行個別細胞拆解和定量,並採用與流式分析完全相同的資料格式直接進行圈選並界定四象限,清楚呈現陰性和陽性細胞所佔的比例,更可在數據和影像之間雙向追蹤,得知特定細胞群的形態和所在位置,最終可將所有數據輸出,匯入Excel或其他軟體進行統計分析。此外,配置高通量自動上片掃描系統,可一次放入120片進行自動上片掃描。
  • 儀器設備:
  1. 高精度掃描式高解析全自動掃描儀主機
  2. 高通量全景組織細胞脈絡影像拍攝軟體
  3. 在線資料收集處理系統
  • 高階全電動顯微鏡-4顯微鏡頭:
    • EC Plan-Neofluar 2.5x/0.085 WD=8.8 M27
    • Plan-Apochromat 10x/0.45 M27
    • EC Plan-Neofluar 20x/0,5 M27
    • Plan-Apochromat 63x/1.40 Oil M27
  • 高階全電動顯微鏡-4螢光通道:
    • DAPI/HOECHST
    • Cy2/Alexa488/FITC/GFP
    • Cy3/PE/Alexa594/Rhodamine/Texas Red
    • Cy5/APC/Alexa647 (可支援Cy7的瑩光,但不可同時使用Cy5)
  • 共軛焦呈像掃描器
    • NipkovDsik共軛焦掃描盤模組,搭配70μ針孔掃描盤
    • 5螢光通道: DAPI、Cy2、Cy3、Cy5、Cy7
    • 配置固態High Power LED白光光源、固態LED螢光光源(7套螢光輸出: 395nm Violet、440nm Blue、440nm Cyan、510nm Teal、550nm Green、575nm Yellow、640nm Red)
  • 使用說明:
    • 組織切片掃描與影像軟體分析僅開放專人操作或專案服務。
    • 拍攝軟體具備整合式3D共軛焦掃描控制模組、景深延伸功能,可自由設定Z軸間距以及連續影像範圍。
    • 連續景深堆疊演算法,降低穿透光及螢光背景干擾,提供較厚樣本清晰影像。
    • 支援IHC樣本多光譜拍攝功能,擷取全波長彩色影像。
    • 具備高解析視野拼接演算法,提供單像素水準無縫拼接虛擬數位切片,以及全景影像大圖輸出功能等。
  • 儀器放置位置:國家生技研究園區 A棟 5樓 A502
  • 儀器照片:

自動化組織處理機

  • 型號: Sakura Histo-Tek® VP1™
  • 儀器簡介: 該儀器可提供高品質的組織處理,使用方法簡單且安全。
  • 使用說明:
    • 耗材共儀收費提供。
    • 液晶彩色螢幕顯示,觸控式螢幕操作。
    • 藥液槽連接狀況自動檢查,且藥液及處理槽可自行取出更換。
    • 自動清洗處理槽系統及自動藥液更換系統。
    • 程式記憶10組具延遲系統(輸入預定完成日期時間即可)。
    • 檢體處理量: 300個包埋盒。
    • 處理行程:活動式藥液槽10個/活動式石蠟槽4個/活動式清洗槽2個。
  • 儀器放置位置: 國家生技研究園區 A棟 5樓 A522
  • 儀器照片:

石蠟組織切片機

  • 型號: Sakura Histo-Tek® SRM™ Ⅱ
  • 儀器設備:
  1. High & Low-profile兩通用型替刃式刀座
  2. 大型廢蠟收機槽
  3. 組織飄浮水槽1台
  4. 玻片烘乾器1台
  • 使用說明:
    • 切片刀自備。
    • 配置具有分離移動式控制操作器:可設定及操作微電腦控制步進馬達前進、後退、樣本回縮和切片及修片厚度設定、定點位置記憶功能、自動回縮距離及開關等功能。
    • 雙重旋轉把手安全鎖定裝置:分別在旋轉把手上方及旋轉把手下方做雙安全鎖定裝置,切片旋轉把手任意位置可鎖定。
    • 切片、修片等功能,均由分離式控制器做觸控簡便的操作,另有一組顯示面板固定於機器右上方,雙顯示系統方便使用操作。
    • 開機時標本頭能自動回縮功能,樣品回縮位移:5-100μm。
    • 同時可設定2組切片厚度值;取片厚度觸控按鍵設定:0-600μm;修片厚度觸控按鍵設定:0-600μm。
    • 標本進退移動採步進馬達控制,移動速度有快速900μm/s與慢速300 μm/s。
    • 樣品前後位移:28mm;樣品垂直位移:70mm;X/Y軸樣品夾調節:±8°。
    • 刀座採兩層設計,均以快速卡準固定,左右可位移時為上層刀座整組移動,不須調整刀片,不會造成切片距離偏差;左右位移距離:50mm。
  • 儀器放置位置:國家生技研究園區 A棟 5樓 A522
  • 儀器照片:

石蠟組織包埋機

  • 型號:Sakura Tissue-Tek® TEC™ 5
  • 儀器配備:
  1. 包埋系統
  2. 冷卻系統
  • 使用說明:
    • 耗材共儀收費提供。
    • 單一微電腦主控板操作共通連結包埋和冷卻系統。
    • 明暗可調式LCD螢幕顯示,觸控式防水按鍵微動控制。
    • 具手動及自動定時功能:可設定每天之開始操作時間及關機時間及可設定欲使用之時間/星期。
    • 包埋系統為預熱槽及分注器二合一系統,包埋模預熱槽及石蠟預熱槽分別在分注器左右兩側,石蠟預熱槽內有活動式石蠟標本預浸盒,預熱槽外蓋皆為上掀式具磁性吸附固定功能。
    • 石蠟熔蠟槽4公升(含活動式石蠟標本預浸盒1個)包埋時之石蠟流動為重力水位差式,可旋鈕調整分注器石蠟流量大小。
    • 包埋模預熱槽及石蠟預熱槽各為1.5公升,滴蠟孔前方並具有電冷式包埋冰盤。
    • 加熱盤7組及包埋用大小方型壓板各一個,可同時容納20個包埋盒,加熱盤之左、右盤面下方各具有1組餘蠟回收拉槽。
    • 冷卻系統工作狀況均顯示於包埋系統LCD螢幕。溫度調整範圍:0 to -10℃,以1℃為單位調整。冷卻盤可置放60個包埋盒。
  • 儀器放置位置: 國家生技研究園區 A棟 5樓 A522
  • 儀器照片:

全自動多元式可客製化免疫染色及原位雜交系統

  • 型號: Roche Ventana BenchMark ULTRA
  • 儀器特點:可全自動依據實驗需求進行免疫染色與原位雜交染色,完全自動化的工作流程可以在8小時內處理90片組織染色片,或者在夜間運行時處理120片組織染色片,是一台可進行大量病理染色的絕佳工具。
  • 使用說明:
    • 需自備抗體,試劑由共儀收費提供。
    • 全自動化節省人工染色時間並大大降低接觸病理組織片的次數,安全簡單操作,應用到各式染色:IHC (immunohistochemistry)、ISH (in situ Hybridization)、CISH (Chromogenic in situ Hybridization)、SISH (Silver enhanced in situ Hybridization)、Dual Stain和FITC組織切片皆可同時處理。
    • 系統配備CareGiver即時遠程監控技術,提供全天候在線支持,以進行基本故障排除和技術指導。
  • 儀器放置位置:國家生技研究園區 A棟 5樓 A522
  • 儀器照片:

 

高變焦倍率立體顯微鏡附影像系統

  • 型號: Zeiss Stemi 508 trino
  • 儀器特點:
    • 具備複消色差校正變倍光學元件和高效能雜散光消除功能,提供清晰、無失真、無彩色條紋的三維圖像。
    • 最大可目視視野為122 mm的物體。8:1變焦(0.63x-5.0x)可讓您觀察到高對比度的微小結構。
    • 使用可互換的複消色差校正變倍光學元件和目鏡可以達到2倍到250倍之間的任何放大倍率,使解析度倍增,
    • 可在不影響光學質量的情況下享受高達287 mm的長工作距離
  • 儀器設備:
  1. 顯微鏡機身(Microscope Body Stemi 508 trino)
  2. 內置 LED 照明裝置的緊湊式 K 型主機架(Stand K EDU)
  3. 可調整式蛇管(Double Spot Illuminator K LED)
  4. 數位照相與影像系統(Digital Microscopy Camera AxioCam ERc 5s and AxioCam ERc 5s Rev.2 Accessory Kit)
  • 儀器放置位置:國家生技研究園區 A棟 5樓 A522
  • 儀器照片:

 

影像分析軟體系統(TissueGnostics)

  • 軟體系統:
  1. 離線主機分析系統
  2. 高通量全景組織細胞脈絡影像分析軟體(StrataQuest Analysis Software)
  3. 全景組織3D影像重建整合軟體(Voloom 3D Reconstruction software)
  • 軟體功能介紹:
    • 具備多層次分析演算法,包括了病理應用演算法,如:Ki67/NeuHer2 和FISH分析模組;研究應用演算法,如:淋巴球浸潤腫瘤分析及什利曼原蟲病分析。
    • 具備細胞自動辨識,也可分析核內及質內顆粒特徵,如FISH或CISH分系,搭配流式細胞儀的分析統計方式,呈現“Dots per cell”(Dot Plot)和單參數 (Histogram Plot)。
    • 具備雙向聯動圈選功能,可從分析的點(Dots per cell)追朔到影像上的細胞位置,反之,也可從影像上的細胞位置追朔到分析的點(Dots per cell)。
    • 可建立各種形式 Regions of Interest (ROI)限制特定分析區域,也可剔除區域,增加分析區域篩選條件。
    • 具備全自動光譜拆分演算法,單鍵完成分色抽離,適用各種免疫組織複染樣本。
    • 連續組織切片數位圖像同步功能,提供連續切片對位比較及統計。
    • 自動化3D影像重建,可進行大範圍掃描影像或是可導入倂校準連續切片(不限片數)掃描影像序列之立體建構。
    • 支援多種數位切片檔案格式,如:3DHISTECH、Aperio、Hamamatsu、Leica、Zeiss等。
    • 分析報告書可匯出格式眾多,如: Excel、ASCII、PDF、List mode data;影像輸出格式,如:JPEG、TIF等。
  • 使用說明:

影像分析軟體-StrataQuest Analysis Software可支援各式影像分析,使用者如需進行離線分析,詳情請洽管理員。

 

乾式生化分析儀

  • 型號: FUJIFILM NX500i
  • 儀器特點: 此儀器能自動化執行多達31項生化測試及免疫學測試。具備自動稀釋功能、等離子體分離功能、QC卡校準系統等。
  • 樣品種類:血漿、血清、全血(帶血漿過濾器)
  • 所需樣品量:
    • 比色法: 10μL/測試
    • 電解質: 50μL/ 3測試(Na-K​​-Cl)
  • 可測量參數:
    • 生化測試(酶): ALP、AMYL、CHE、CKMB、CPK、GGT、GOT/AST、GPT/ALT、LAP、LDH、LIP
    • 生化測試(一般化學): ALB、BUN、Ca、CRE、DBIL、GLU、HDL-C、IP、Mg、NH3、TBIL、TCHO、TCO2、TG、TP、UA
    • 生化測試(電解質):Na、K、Cl
    • 免疫學測試: CRP
  • 使用說明:
    • 該儀器可測得項目眾多,使用者可依照預測定的生化項目與廠商聯繫購賣所需試劑。
  • 儀器放置位置: 國家生技研究園區 A棟 5樓 522室
  • 儀器照片: